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当会の事業目的は、広く県民に正しい眼科医療の啓発及び教育活動を行うとともに、眼科の医療に関する調査研究や公衆衛生活動を行い、会員の倫理・資質の向上に努め、県民の保健福祉の増進に寄与することです。
具体的な活動として以下のような事業を実施しています。
会員の資質の向上を目的として、年に4回鹿児島眼科集談会を開催しています。この会では、優れた研究者や臨床医を招いての講演や会員による研究成果の発表等を行っています。また、地域医療の一環として、毎年離島巡回診療を実施しています。鹿児島県は離島が多く、眼科医不在の地区も少なくないため本会の重要な活動の一つです。さらに、一般の方々を対象とした啓発及び教育活動として、目の健康講座を開催しています。その他、移植医療の推進、眼科従業員の教育、失明予防事業・視覚障害者対策事業などへの協力も行っています。
鹿児島県眼科医会は、日本眼科医会の鹿児島県支部を兼ねています。また、鹿児島県医師会の専門部会のひとつで、事務局は鹿児島県医師会館内にあります。